Mariager Kloster har efter reformationen været anvendt som lensmandsbolig og dommersæde med retsbygning.
Kirken overtog klosteret igen i 2006 og bygningen er blevet hovedrestaureret og blevet indrettet med sognegårds-faciliteter, koncertsal, kirke- og præstekontorer, undervisningsfaciliteter og museumsudstilling for Birgittaordenen.